必须将所有要高压灭菌的生物医学废物shou先放入经过批准并贴有标签的高压灭菌袋中。进行消毒之前，必须将针头和手术刀之类的尖锐物放置在认可的，带标签且有棱角的尖锐的锐利容器中。请勿将锋利的移液器或破碎的玻璃袋放在袋子中。这些废物应放入箱子或桶中进行高压灭菌，或使用液体灭菌剂（例如10％的次氯酸钠）灭菌。要在高压灭菌器中灭菌的生物医学废物，必须具有一个指示器，该指示器可以证明废物在可以处置之前已经过高压灭菌。许多高压灭菌袋都带有一个指示器，当灭菌周期结束时，该指示器会显示“ AUTOCLAVED”字样。在对箱子和桶进行高压灭菌并放入垃圾箱之前，必须先对它们施加指示器。潜在传染性废物必须标记为“生物危害”，并在容器上贴有生物危害标签。当在无菌环境中对非危险材料（例如研究动物必需品，培养基和实验室设备）进行灭菌时，无标记的普通容器就足够了。
开始之前，应在高压灭菌袋中放入约50 ml – 100 ml的水，以利于袋子中产生蒸汽。如果负载中自然存在这种水，则无需添加额外的水。高压灭菌袋应包裹好，以防溢出时溢出。但是，如果胶带缠绕得太紧，则蒸汽压力会在袋子内部积聚，从而破裂。不要将垃圾袋翻倍。高压灭菌袋设计为可渗透蒸汽，但双层袋将阻止蒸汽通过该袋的流动。不要将袋子或高压灭菌器装满，因为蒸汽流通不良，可能会干扰灭菌过程。zui好不要将袋子直接放入高压釜中。它们应放在不锈钢或聚丙烯托盘上。
高压灭菌液体时，不要将容器内的装料量超过75％。这将确保流体在加热时有膨胀的空间。由于使用蒸汽对液体进行消毒可能会出现问题，因此，如果可能的话，zui好使用化学试剂对液体废物进行消毒。如果研究人员选择使用蒸汽对液体进行消毒，则装有液体的容器必须能够承受高压灭菌条件。可以使用硼硅酸盐玻璃或聚丙烯容器。确保松开容器上的盖子，以在此过程中增加压力。在高压灭菌过程中，始终将松散的玻璃器皿和液体容器放入辅助容器中。从高压灭菌锅中清除液体时，请戴上厚实的耐热手套，护目镜和橡胶围裙。对于液体负荷，高压灭菌锅的排气周期必须设置得非常慢。这样可以让液体有时间冷却到100°C以下，因此，随着压力降低，液体不会沸腾。运行完成后，缓慢打开门并退后直到蒸汽排净。
